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转录组测序研究怎么做?全靠这些“套路”
发布时间:2020-01-02   点击次数:40次

QUANZHUANLUZUZHEIMEHUO,ZENMEZUO?XIAOBIANDAININYIWENCANTOUQUANZHUANLUZUCEXUDEYANJIUTAOLU!

一、什么是全转录组?

QUANZHUANLUZUSHIZHITEDINGZUZHIHUOXIBAOZAITEDINGZHUANGTAIXIAZHUANLUCHUDESUOYOUZHUANLUBENXINXIDEZONGHE,BAOHANmRNA,small RNA,lncRNA,circRNADENGBIANMAHEFEIBIANMARNA。ZHUANLUZUXUEZUOWEIKEXUEYANJIUDEJICHU,QIYANJIUYIYIDEZHONGYAOXINGZHONGSUOZHOUZHI。JINNIANLAI,CHULEMEILIBUJIANDANGNIANDEmiRNA、ZHISHOUKEREDElncRNAWAI,ceRNAFENXIYEKAISHIZHANLUTOUJIAO,CHENGWEIKEYANJIEDEYAOYANMINGXING。

二、为什么做全转录组测序?

海南七星彩XIANGJIEDAZHEIGEWENTI,ZANMENXIANLAILIAOLIAOSHENMESHIceRNA。

海南七星彩ceRNA (competing endogenousRNA,JINGZHENGXINGNEIYUANRNA) BINGBUSHIXINDERNAFENZI,ERSHIYIZHONGQUANXINDEJIYINBIAODADIAOKONGMOSHI,ceRNAJIASHUOJIESHILEYIZHONGRNAJIANXIANGHUZUOYONGDEXINJIZHI。

海南七星彩ceRNA—JINGZHENGXINGNEIYUANRNA

海南七星彩mRNAHUOncRNASHANGCUNZAIKEBEImiRNAJIEHEDEQUYU,JIMREsGONGNENGYUANJIAN,BAOHANTONGYUANMREsDERNAFENZIKEJINGZHENGXINGDEJIEHEmiRNA。YIZHImiRNAKETONGGUOJIEHEBAJIYINDAOZHIJIYINCHENMO,SUOYIceRNAKEYITONGGUOJINGZHENGXINGDIJIEHEmiRNALAIDIAOKONGBAJIYINDEBIAODA[1]。

MUQIAN,DANYIDEmRNAHUOncRNAYANJIUYIBUNENGMANZUKEYANXUQIU,JIEHEDUOZHONGRNAXINXIJINXINGceRNALIANHEFENXI,TANJIUQIQIANZAIDEDIAOKONGWANGLUOJIZHIYICHENGWEIJIESHISHENGWUXUEXIANXIANGDELIQI!

三、全转录组测序怎么做?

QUANZHUANLUZUCEXUJIYINGYONGRNA-seqJISHU,TONGGUOGOUJIANLIANGZHONGWENKU—XIAORNAWENKUHEQUHETANGTIDELIANTEYIXINGWENKU,KEYICIXINGFENXI4ZHONGRNA (miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA) XINXI。

3.1FENXINEIRONG

海南七星彩QUANZHUANLUZUFENXINEIRONGGENGQUANMIAN,CHU4ZHONGRNABIAOZHUNFENXIWAI,HAIBAOHANceRNALIANHEFENXI,GENGKEFUZENGGAOJIFENXINEIRONG,CHAOZHICHAOYOUHUI!

全转录组测序信息分析流程.png

QUANZHUANLUZUCEXUXINXIFENXILIUCHENG

 ceRNA互作调控网络.png

ceRNAHUZUODIAOKONGWANGLUO[2]

3.2 YANJIUSILU

研究思路.jpg

QUANZHUANLUZUCEXUYANJIUSILU

1)确定研究对象
对照组&处理组;健康组&疾病组;癌组织&癌旁组织……
2)应用RNA-seq获得4种RNA数据
3)筛选差异表达的mRNA,lncRNA,miRNA,circRNA
4)构建ceRNA调控网络,筛选ceRNA-mRNA调控pairs
5)QRT-PCR验证其表达量相关性
6)ceRNA调控关系验证
a. 从蛋白水平、RNA水平等验证ceRNA对靶标基因的作用;
b. 分析miRNA结合位点,ceRNA-miRNA调控关系;
7)功能验证
a. 细胞水平:细胞增殖,细胞凋亡及周期变化,肿瘤转移等;
b. 分子水平:Western Blot和免疫组化,siRNA干扰/过表达载体,免疫沉淀(IP)等;
c. 动物实验:构建动物模型,肿瘤模型;
d. 临床层面:检测动物表型及生化指标变化,术后恢复情况。

3.3 ANLIJIEXI

海南七星彩SHIJIANSHIJIANYANZHENLIDEWEI1BIAOZHUN,WENZHANGSHIZONGJIESILUDEYIdaFABAO!JINQIFABIAOZAINature communicationsDELIANGPIANWENZHANG,FENBIEYIlncRNA,circRNAWEIZHUYAOYANJIUDIAN,JIEHEmRNA,miRNASHUJUJINXINGceRNAFENXI,TANJIUQIDIAOKONGJIZHI。

海南七星彩1. QIANLIEXIANAIZHONGlncRNAJIEDAODEspongeDIAOKONGWANGLUO[3]

YANJIUBIAOMING,lncRNAKEZUOWEImiRNAHAIMIANJINGZHENGXINGJIEHEmRNA。WENZHANGTONGGUOSHENGWUXINXIXUEFENXISHAIXUANDAO2GEsp-lncRNA,BINGQUEDINGPTENWEIQIDIAOKONGJIYIN,TONGGUOmiRNAFAHUIZUOYONG,CONGERBIAOMINGlncRNAJIEDAODEHAIMIANDIAOKONGWANGLUOZAIAIZHENGDIAOKONGZHONGFAHUIZHONGYAOZUOYONG。

前列腺癌中lncRNA介导的sponge调控网络.png

2. circRNADEmiRNAHAIMIANZUOYONGJIZHI[4]

WENZHANGYINGYONGRNA-seqJISHUSHAIXUANCHAYIcircRNAs,QUEDINGcircHIPK3WEIMUBIAOFENZI,BINGJINXINGJIANDINGJISHENGCHENG、BAOneiDINGWEIDENGYANJIU;TONGGUOmiRNAJIEHEWEIDIANFENXIBINGJIEHEDUOZHONGSHIYANYANZHENG,BIAOMINGcircHIPK3KEZUOWEImiRNAHAIMIANFAHUIDIAOKONGZUOYONG。

circRNA的miRNA海绵作用机制.png

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